Soutenance HDR Julien Bischerour

Titre : Mécanismes d’élimination programmée de l’ADN chez la Paramécie

Résumé :
Chez le cilié Paramecium tetraurelia, des réarrangements massifs du génome se produisent lors de la formation d’un nouveau noyau somatique à chaque cycle sexuel. Ces réarrangements conduisent à l’élimination d’environ 30 % du génome germinal. Des cassures double brin de l’ADN sont introduites par une endonucléase spécifique issue de la domestication d’une transposase de la famille PiggyBac, puis réparées par la voie de non-homologous end joining classique (cNHEJ). Les bornes des régions éliminées du génome sont dépourvues de séquences spécifiques pouvant servir de motifs de reconnaissance à la machinerie en charge de leur excision. Comment, dans ces conditions, des cassures aussi précises sont-elles introduites dans l’ADN ?
Mes travaux ont pour but de caractériser les acteurs de la machinerie d’excision et les mécanismes permettant le ciblage des séquences éliminées. Ils visent également à comprendre comment les cassures de l’ADN sont réparées de manière aussi précise et robuste pour l’ensemble des milliers de séquences éliminées.

Membres du jury :
• Pascale Lesage, DR CNRS, Institut de Recherche Saint-Louis, Paris (Rapporteure)
• Vincent Parissi, DR CNRS, Université Bordeaux 2, Bordeaux (Rapporteur)
• Jean-Pierre de Villartay, DR INSERM, Institut Imagine, Paris (Rapporteur)
• Aurélie Hua-Van, Professeure, Univ. Paris-Saclay, EGCE, Gif-sur-Yvette (Examinatrice)
• Josée Guirouilh-Barbat, DR CNRS, Institut Curie, Paris (Examinatrice)
• Éric Meyer, DR CNRS, IBENS, Paris (Examinateur)

Title: Mechanisms of Programmed DNA Elimination in Paramecium

Abstract:
In the ciliate Paramecium tetraurelia, massive genome rearrangements occur during the formation of a new somatic nucleus at each sexual cycle. These rearrangements lead to the elimination of approximately 30% of the germline genome. DNA double-strand breaks are introduced by a specific endonuclease derived from the domestication of a PiggyBac family transposase and are subsequently repaired through the classical non-homologous end joining (cNHEJ) pathway. The boundaries of the eliminated genomic regions lack specific sequences that could serve as recognition motifs for the excision machinery. Under these conditions, how are such precise DNA breaks introduced?
My work aims to characterize the components of the excision machinery and the mechanisms that allow targeting of the sequences to be eliminated. It also seeks to understand how DNA breaks are repaired in such a precise and robust manner across the thousands of eliminated sequences.

Members of the jury:
• Pascale Lesage, DR (CNRS), Institut de Recherche Saint-Louis, Paris (Reviewer)
• Vincent Parissi, DR (CNRS), Université Bordeaux 2, Bordeaux (Reviewer)
• Jean-Pierre de Villartay, DR (INSERM), Institut Imagine, Paris (Reviewer)
• Aurélie Hua-Van, Professor, Université Paris-Saclay, EGCE, Gif-sur-Yvette (Examiner)
• Josée Guirouilh-Barbat, DR (CNRS), Institut Curie, Paris (Examiner)
• Éric Meyer, DR (CNRS), IBENS, Paris (Examiner)