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SUMMARY:PhD defense - Ambre Baumann "Diversité et évolution des replieme
 nts protéiques chez les archées : De l’adaptation aux environnements e
 xtrêmes à l’origine de la biodiversité" (eq. Lopes - Genome Biology d
 pt)
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DESCRIPTION:Diversité et évolution des repliements protéiques chez les 
 archées : De l’adaptation aux environnements extrêmes à l’origine d
 e la biodiversité\nComposition du jury (dont directeur de thèse) :Rappor
 teurs : Alexandre De Brevern & Céline Brochier-ArmanetExaminateurs : Iorg
 a Bogdan\, Lucie Bittner & Raphaël GuéroisDirectrice de thèse : Anne Lo
 pesRésumé :Il est essentiel de caractériser la façon dont les pression
 s environnementales ont façonné la diversité des repliements et des fon
 ctions des protéines pour comprendre les bases structurales de l'innovati
 on moléculaire et\, finalement\, de la biodiversité. Les protéines sont
  des assemblages modulaires de briques structurales dont la combinaison di
 cte le repliement et la fonction. Jusqu'à récemment\, on pensait que la 
 plupart des repliements avaient déjà été inventoriés dans les bases d
 e données publiques. Néanmoins\, l'essor de la métagénomique et le sé
 quençage du génome d'espèces vivant dans des environnements extrêmes r
 évèlent une fraction importante de gènes orphelins\, c'est-à-dire dép
 ourvus d'homologue de séquence détectable dans les bases de données act
 uelles. La prédiction de structure par des modèles d’intelligence arti
 ficielle permet aujourd'hui d'évaluer si ces gènes orphelins adoptent de
 s repliements déjà répertoriés\, révélant alors une conservation str
 ucturale invisible au niveau de la séquence\, ou s'ils correspondent à d
 e véritables repliements inédits\, sans homologue ni de séquence ni de 
 structure. Les archées\, qui colonisent une large gamme d'environnements 
 extrêmes et restent sous-représentées dans les bases de données struct
 urales\, constituent à cet égard un réservoir privilégié pour explore
 r cette matière noire structurale. Ces séquences sont-elles constituées
  de briques protéiques déjà connues ou en comprennent-elles de nouvelle
 s ? Se replient-elles en de nouveaux repliements protéiques ? Comment les
  contraintes environnementales façonnent-elles l'espace structural des pr
 otéines ? Enfin\, quelles sont les principales sources de diversité prot
 éique et l'innovation structurale est-elle plus fréquente dans des envir
 onnements spécifiques ? Ces questions sont fondamentales pour comprendre 
 les bases structurales de l'innovation moléculaire et de l'adaptation des
  espèces.\n\nhttps://indico.i2bc.paris-saclay.fr/event/507/
LOCATION:B26-N2-000 (I2BC CNRS Gif)
URL:https://indico.i2bc.paris-saclay.fr/event/507/
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