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SUMMARY:PhD defense - Eve Mercier "Décryptage du mécanisme RIP" (eq. Mal
 agnac - Genome Biology dpt)
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DESCRIPTION:Titre : Décryptage du mécanisme RIP\nMembres du jury :\nAur
 élie Hua-Van : Professeure\, Institut Diversité\, Écologie et Évolutio
 n du Vivant (IDEEV)\, Université Paris-Saclay\, Présidente\nCécile Lorr
 ain : Junior Group Leader\, ETH Zürich\, Rapportrice\nPascale Lesage : Di
 rectrice de Recherche\, Institut de Recherche Saint-Louis (IRSL)\, Rapport
 rice\nThomas Badet : Professeur Junior\, Station Biologique de Roscoff\, E
 xaminateur\nIsabelle Fudal : Directrice de Recherche\, INRAE\, Examinatric
 e\n\nRésumé :\n\nLes génomes eucaryotes sont constamment menacés par l
 ’invasion d’éléments ADN égoïstes capables de se répliquer tel qu
 e les transposons. Pour empêcher ces éléments de proliférer\, plusieur
 s mécanismes de défenses existent. Les champignons filamenteux possèden
 t un mécanisme de défense spécifique appelé le RIP (Repeat Induced Poi
 nt mutation). D’abord décrit chez le champignon Neurospora crassa\, le 
 RIP cible les séquences présentes en deux copies ou plus\, quelle que so
 it leur origine. Il inactive les séquences répétées en mutant les cyto
 sines en thymines\, suivi par de la méthylation des cytosines restantes e
 t induit la formation d’hétérochromatine. Malgré le fait que le RIP s
 oit conservé chez la plupart des Pezizomycota\, son mécanisme d’action
  reste inconnu. Un gène appelé RID (RIP Defective)\, codant pour une pro
 téine de type ADN méthyltransférase\, est nécessaire au RIP. Chez Podo
 spora anserina\, le RIP est actif et a pu être observé expérimentalemen
 t. De plus\, l’homologue de RID chez P. anserina (PaRid) est nécessaire
  pour la reproduction sexuée. Récemment\, le génome de Podospora pseudo
 comata\, une espèce proche de P. anserina\, a été séquencé et aucune 
 trace du RIP n’a été détectée. Cependant cette espèce est parfaitem
 ent fertile et possède un orthologue de RID (PpcRid). Il est donc possibl
 e que P. pseudocomata ait récemment perdu sa capacité à faire du RIP. C
 omparer le génome de ces deux espèces proches est donc une occasion uniq
 ue de découvrir de nouveaux acteurs impliqués dans le RIP. Pour ce faire
 \, j’ai développé un rapporteur visuel automatisé permettant de déte
 rminer l’efficacité du RIP en fonction de la couleur des ascospores apr
 ès reproduction sexuée. Grâce à cet outil nommé PiLGRIM\, j’ai pu c
 onfirmer l’implication d’acteurs du RIP\, tel que PaRid\, mais égalem
 ent identifier de nouveaux acteurs\, tel que PaZfir\, absent chez P. pseud
 ocomata. J’ai ensuite intégré cet outil chez ce champignon\, ce qui m
 ’a permis de mettre en lumière des évènements de recombinaison à hau
 te fréquence appelés « loop-out »\, visant les duplications près de
 s centromères.\n\n\nhttps://indico.i2bc.paris-saclay.fr/event/622/
LOCATION:B21-N0-00 - Auditorium (I2BC CNRS Gif)
URL:https://indico.i2bc.paris-saclay.fr/event/622/
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